Депо находится за станцией «Парнас». Станция и депо были запланированы ещё в 1984 году для обслуживания планируемого (тогда) района новостроек в Шувалово. Но в силу финансовых трудностей, строительство депо шло очень медленно. В условиях, когда Правобережная (4) и Фрунзенско-Приморская (5) линии не имели собственного депо, «Выборгское» обслуживало линию 5, чтобы минимизировать ночной отстой составов в тоннелях. Спустя время, депо стало принимать поезда Московско-Петроградской (2) линии, а пятая линия была отдана в "Московское". Также имеется гейт с железной дорогой.
По состоянию на июль 2004 на территории депо велись следующие работы:
По состоянию на июль 2005 :
18 декабря 2008 года была открыта вторая очередь депо с 15 дополнительными канавами. 5 канав было отдано для отстоя вагонов ТЧ-3 «Московское».
Вагонный парк депо состоит из вагонов моделей 81-717/717.5/714/714.5, 81-540/541, 81-540.5/541.5, 81-540.2/541.2, 81-541.8 и 81-714.5П
Депо было открыто 1 января 2001 года. Вторая очередь открыта 18 декабря 2008 года.